Công ty cổ phần Dược Phẩm Thiết bị Y Tế Hà Nội – Hapharco được thành lập ngày 06/05/1955 trên cơ sở các cửa hàng tách khỏi công ty Bách hóa. Khi nhà nước tiến hành cải tạo công thương nghiệp, khôi phục, phát triển kinh tế, Công ty đã thu hút một số đại lý, nhà thuốc tư nhân, sáp nhập với công ty thuốc Nam thuốc Bắc thành Quốc doanh Dược Phẩm.
Năm 1983, Công ty sáp nhập với xí nghiệp Dược phẩm Hà nội thành Xí nghiệp liên hợp Dược Hà nội. Sau 1993, do chủ trương chuyên sâu trong lĩnh vực hoạt động, Xí nghiệp liên hợp Dược được tách thành 3 đơn vị trực thuộc Sở Y Tế Hà nội. Hapharco được hình thành trên cơ sở khối kinh doanh và sáp nhập thêm 3 công ty khác.
Ngày 16/04/2003, theo quyết định số 2050/QĐ-UB của UBND Thành phố Hà nội, Công ty được chuyển đổi thành Công Ty Cổ Phần Dược Phẩm Thiết Bị Y Tế Hà Nội – Hapharco.
